El desarrollo de paquetes Debian para su inclusión en Molinux, también debe seguir unas normas, con el fin de superar un control de calidad que garantice su correcto funcionamiento y facilite su mantenimiento y actualizaciones futuras.
Todo el software incluido en Molinux -programas, documentación, etc.-, debe estar empaquetado en formato deb (debian), siguiendo unas normas y superando unos controles de calidad de los paquetes.